气相色谱不适用于不蒸发物质和对热不稳定物质，而液相色谱却不受样品的蒸发性和热稳定性的约束。有些样品因为难以汽化而不能通过柱子，热不稳定的物质受热会产生分解，也不适用于气相色谱法。这使气相色谱法的运用范围受到了约束。

关于很难别离的样品，用液相色谱常比用气相色谱简单完结别离，主要有以下三个方面的原因：液相色谱中，因为流动相也影响别离过程，这就对别离的操控和改善供给了额定的因素。而气相色谱中的载气一般不影响分配，也就是说，在液相色谱中，有两个相与样品分子产生选择性的相互作用。

液相色谱中具有独能的柱填料（固定相）的品种较多，这样就使固定相的选择余地更大，然后增加了别离的可能性。

液相色谱运用较低的别离温度，分子间的相互作用在低温时更为有用，因而降低温度一般会进步色谱别离功率。

和气相色谱仪比较，液相色谱对样品的收回比较简单，并且是定量的，样品的各个组分很简单被别离出来。因而，在很多场合，液相色谱不仅作为一种分析办法，并且能够作为一种别离手法，用以提纯和制备具有中等纯度的单一物质。在气相色谱中所别离出的各样品组分虽也能够收回，但一般都不太便利，并且定量性差。液相色谱法因为具有这些气相色谱法不具备的长处，因而在许多领域得到广泛的应用。